Konsens-Codon-Optimierung durch Organismus

Gibt es eine öffentliche Datenbank, die diese Informationen enthält? Ich versuche, ein einfaches Genannotationsprogramm zu erstellen, mit dem ich eine DNA-Sequenz eingeben und dann beispielsweise anhand einer dieser Tabellen optimieren kann, indem ich die E. coli - Einstellungen verwende.

Das klingt nach jcat.de
Das Tool ist so ziemlich das, was ich wollte. Danke schön.
Auch helixweb.nih.gov/dnaworks verfügt über diese Funktionalität. Es akzeptiert auch Informationen aus der Codon Usage Database. Ich würde jedoch gerne Verbesserungen auf dem Gebiet sehen.

Antworten (2)

Testen Sie die Codon Usage Database bei Kazusa. Sie können nach Organismen suchen. Die Datenbank enthält 35.799 Organismen und wurde aus 3.027.973 vollständigen proteinkodierenden Genen (CDS) zusammengestellt, wurde jedoch zuletzt 2007 aktualisiert.

Diese Art von Datenbank ist das, wonach ich in Bezug auf den Zugriff gesucht habe. JCat scheint ein gutes Werkzeug zu sein, um die Arbeit für mich zu erledigen, aber ich würde es gerne selbst mit dieser Datenbank ausprobieren.

Eine Menge Software, die diese Art von Funktionalität bietet. Eine Open-Access-Überprüfung von 2007 listet >30 solcher Software auf http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17882154 . Jedoch keine Korrelation zwischen dem 'häufigsten' Codon und der Expressionsausbeute des rekombinanten Proteins. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21102527 . Daher sind diese >30 Softwares sinnlos.

Die zweite Schlussfolgerung ist interessant. Ich hätte gedacht, dass es vielleicht einen Unterschied machen würde, wenn Mikroben als Bioreaktoren verwendet werden und die einzige quantifizierbare Eigenschaft, die zählt, der Ertrag ist.
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