Ich bin ein 3rd-Timer-Postdoktorand mit etwas Erfahrung in Molekularbiologie und Biochemie, aber großen Fähigkeiten in Zoologie und Naturgeschichte. Ich untersuche einige natürliche Extrakte und isoliere Verbindungen.
Einige biologische Proben kommen in begrenzten Mengen vor (z. B. Hämolymphe von Wirbellosen), was analytische Methoden behindert, die auf größeren Mengen beruhen. Beispielsweise ist die Erstellung von UV-Vis-Spektren von Extrakten eine übliche zerstörungsfreie Methode, um sich unbekannten Proben zu nähern und allgemeine Parameter abzuschätzen, die mit einem Spektrophotometer durchgeführt werden.
Das mikrovolumenskalierte Spektralfotometersystem, das im Volksmund als „Nanodrop“ bekannt ist, ist seit fast zwei Jahrzehnten in Labors zu finden. Seine Verwendung war normalerweise auf schnelle Reinheits- und Konzentrationsschätzungen für DNA und RNA in molekularbiologischen Labors beschränkt.
Ich erwäge, den Nanodrop zur Schätzung von Parametern anderer biologischer und chemischer Proben zu verwenden. Laut Handbuch sind die am häufigsten verwendeten Lösungsmittel mit dem System kompatibel. Ich habe jedoch noch niemanden gefunden, der versucht hat, Nanodrop für verschiedene Anwendungen zu verwenden.
Bitte, kann jemand hier, der mit einem Nanodrop-System mit anderen biologischen Proben und Extrakten experimentiert hat, diese Erfahrung kommentieren?
Der Nanodrop ist ein generisches UV-Vis-Spektrophotometer. Laut Hersteller kann das neuste Modell die Extinktion von 190 bis 850 nm messen . Sein dynamischer Bereich ist ebenfalls sehr gut: von etwa 0,1 bis etwa 60 in der Absorption. Solange Sie also kein inkompatibles Lösungsmittel verwenden, können Sie alles messen, was in diesem Wellenlängenbereich absorbiert . Ich verwende es sehr oft für gereinigte Proteine. Es eignet sich auch gut für trübe Suspensionen (wie Bakterienkulturen; das Ablesen der optischen Dichte bei 600 nm gibt eine Vorstellung von der Trübung).
Es ist einfach zu bedienen und natürlich ist der geringe Volumenbedarf ein großer Vorteil. Ein Nachteil ist, dass Sie bestimmte Parameter nicht so fein einstellen können, wie es ein "echtes" Spektrofotometer erlauben würde (Bandbreite, Verstärkung usw.). Aber Sie können definitiv anständige Spektren für die Charakterisierung von Mischungen und die Konzentrationsschätzung von reinen Proben erhalten.
Ich habe den Nanodrop für die Messung der Extinktion bei 600 nm von Bakterienkulturen sowie Nukleinsäurepräparaten verwendet. Ich habe jedoch für meine Bakterienkulturen auf ein anderes Spektrophotometer (Spektrophotometer, Ultrospec 2100 pro, UV/Visible Spectrophotometer, Amersham Biosciences) umgestellt, weil ich ihm mehr vertraue, da ich eine Küvette mit 1 ml Bakterien anstelle von nur 1 Mikroliter Kultur verwende.
Nachdem ich meine Tests abgeschlossen habe, habe ich beschlossen, zurückzukommen, um meine eigene Frage zu beantworten.
Eine Nanodrop-Maschine hat meinen Zweck recht effizient erfüllt, soweit ich das beurteilen kann. Ich habe es verwendet, um den Reinheitsgrad eines natürlichen Alkaloidextrakts aus Insekten zu bewerten, wobei ich synthetische Alkaloidanaloga als Kontrollen verwendete. Sehen Sie sich unser veröffentlichtes Papier an, in dem die Methode hier zusammen mit den Rohdaten besprochen wird .
Wir haben keine Veränderungen oder Kreuzkontaminationen bei parallel laufenden DNA/RNA-Proben von Kollegen festgestellt, was die Tatsache hervorhebt, dass ich die Geräte zwischen den Verwendungen ordnungsgemäß gereinigt habe.
Daher ja: Ich empfehle den Nanodrop als günstige und schnelle Methode zum Scannen biologischer Proben, vorausgesetzt, die zur Reinigung des Sockels verwendeten Chemikalien und Lösungsmittel sind mit der Anleitung kompatibel.
Hoffe, diese Diskussion hilft anderen, sich zu trauen!
Wissenschaftler
Guillaume