Was ist die Konvertierung zwischen r und FST?

Question

Was ist die Konvertierung zwischen r und FST?

Biologie
Evolution
Populationsgenetik
Evolutionäre Spieltheorie

Steroide

Aus Schonman (2013) :

...Allel A kann nur unter Hamiltons Bedingung R= eindringen $F_{ST}$ > C/B.

Aus Harpending (2002) :

Die beste allgemeine Definition des Beziehungskoeffizienten $R_{XY}$ zwischen Individuen X und Y ist (Bulmer, 1994) $R_{XY}$ = $F_{XY}$ / $F_{XX}$ , Wo $F_{XY}$ ist die Verwandtschaft zwischen X und Y und $F_{XX}$ ist die Verwandtschaft von X mit sich selbst [..]

[..] $F_{ST}$ ist nur der Verwandtschaftskoeffizient zwischen Mitgliedern derselben Deme [..]

[..] $F_{Self} = \frac{(1 + F_{ST})}{2}$ [..]

Dies bedeutet, sofern ich mich nicht irre, dass, wenn ich die Harpending-Gleichung nehme und einsetze $F_{ST}$ für $F_{XY}$ und ersetzen Sie 1/2(1+ $F_{ST}$ ) für $F_{XX}$ , ich kann die innerhalb-deme Verwandtschaft berechnen: 2* $F_{ST}$ /(1+ $F_{ST}$ ).

Doch Schonman sagt R= $F_{ST}$ ?

Was mache ich hier falsch?

Remi.b

Die geringe Aufmerksamkeit, die Ihr Beitrag erhalten hat, hängt wahrscheinlich mit seinem Format zusammen. Ich habe das Format für das Zitat und die Referenzen verbessert. Sie möchten wahrscheinlich das Format für die Gleichungen verbessern. Beispielsweise sollte "Fst" "

F_{S T}

$F_{ST}$ " (durch Eingabe von $F_{ST}$ ). Hier ist ein Tutorial zum Formatieren mathematischer Gleichungen.

Steroide

@Remi.b Ist diese Frage zu schwierig oder zu trivial? Kennst du die Antwort?

Remi.b

Es ist keine einfache Frage. Das waren meine ersten Gedanken

F_{S T}

$F_{ST}$ hängt dabei von der genetischen Vielfalt ab

r

$r$ (oder

R

$R$ wie es hier anscheinend heißt) nicht. Die Gleichsetzung der beiden klingt also schwierig. Ihr erstes Zitat stammt aus der Literatur zur sozialen Evolution, und Nashs Arbeit an der Diskussion macht die Dinge nur unnötig kompliziert.

Remi.b

Sätze wie FST is just the coefficient of kinship between members of the same demeklingen für mich falsch, weil

F_{S T}

$F_{ST}$ hängt von der genetischen Vielfalt in der Gesamtbevölkerung ab, aber es könnte schwierig sein, eine Meinung zu einem Zitat außerhalb des Kontexts abzugeben (ich habe das Papier nicht gelesen). Außerdem bin ich es nicht gewohnt, mit dem Koeffizienten der Verwandtschaft (oder der Verwandtschaft; für mich sind diese beiden Konzepte identisch, aber ich könnte mich irren) zu arbeiten und könnte hier etwas verloren gehen.

Steroide

@Remi.b Was meinst du mit Nashs Arbeit? Sie sind es nicht gewohnt, den Verwandtschaftskoeffizienten (r) zu verwenden? Wird diese Maßnahme nicht sehr häufig verwendet? Konntest du die Zeitung lesen? Es ist ziemlich kurz und ich denke, Sie könnten es verstehen, weil Sie mit mathematischen Formulierungen in der Evolutionsbiologie vertraut sind.

Remi.b

Ich bezog mich auf John Nash, dessen Arbeit Hamiltons Arbeit zugrunde liegt. Ich meinte nur Sachen der sozialen Evolution.

Remi.b

Ich könnte das vielleicht aus Bulmers Definition erschließen

R_{X Y} = F_{X Y} / F_{X X}

$R_{XY} = F_{XY}/F_{XX}$ . Diese Definition gibt jedoch nicht an, ob Yaus der Grundgesamtheit gezogen wird oder nicht.

F_{S T}

$F_{ST}$ nur in strukturierten Populationen sinnvoll. Ich nehme an Y, es würde ein Individuum bedeuten, das zufällig aus der Gesamtbevölkerung gezogen wird, was denkst du?

Remi.b

Ich bin mir nicht sicher, ob ich das Konzept von kinship of X with himselfauch verstehe. Wie kann sich dieser Wert von 1 unterscheiden? (Ich bin vielleicht zu sehr daran gewöhnt, in Bezug auf die Wahrscheinlichkeit der Identität durch Abstammung zu denken, um dieses Problem richtig zu denken.)

Steroide

Laut dem Papier beträgt die Verwandtschaft mit sich selbst 0,5 in einer sexuellen Population.

Antworten (2)

Was ist die Konvertierung zwischen r und FST?

Die geringe Aufmerksamkeit, die Ihr Beitrag erhalten hat, hängt wahrscheinlich mit seinem Format zusammen. Ich habe das Format für das Zitat und die Referenzen verbessert. Sie möchten wahrscheinlich das Format für die Gleichungen verbessern. Beispielsweise sollte "Fst" " $F_{ST}$ " (durch Eingabe von $F_{ST}$ ). Hier ist ein Tutorial zum Formatieren mathematischer Gleichungen.
@Remi.b Ist diese Frage zu schwierig oder zu trivial? Kennst du die Antwort?
Es ist keine einfache Frage. Das waren meine ersten Gedanken $F_{ST}$ hängt dabei von der genetischen Vielfalt ab $r$ (oder $R$ wie es hier anscheinend heißt) nicht. Die Gleichsetzung der beiden klingt also schwierig. Ihr erstes Zitat stammt aus der Literatur zur sozialen Evolution, und Nashs Arbeit an der Diskussion macht die Dinge nur unnötig kompliziert.
Sätze wie FST is just the coefficient of kinship between members of the same demeklingen für mich falsch, weil $F_{ST}$ hängt von der genetischen Vielfalt in der Gesamtbevölkerung ab, aber es könnte schwierig sein, eine Meinung zu einem Zitat außerhalb des Kontexts abzugeben (ich habe das Papier nicht gelesen). Außerdem bin ich es nicht gewohnt, mit dem Koeffizienten der Verwandtschaft (oder der Verwandtschaft; für mich sind diese beiden Konzepte identisch, aber ich könnte mich irren) zu arbeiten und könnte hier etwas verloren gehen.
@Remi.b Was meinst du mit Nashs Arbeit? Sie sind es nicht gewohnt, den Verwandtschaftskoeffizienten (r) zu verwenden? Wird diese Maßnahme nicht sehr häufig verwendet? Konntest du die Zeitung lesen? Es ist ziemlich kurz und ich denke, Sie könnten es verstehen, weil Sie mit mathematischen Formulierungen in der Evolutionsbiologie vertraut sind.
Ich bezog mich auf John Nash, dessen Arbeit Hamiltons Arbeit zugrunde liegt. Ich meinte nur Sachen der sozialen Evolution.
Ich könnte das vielleicht aus Bulmers Definition erschließen $R_{XY} = F_{XY}/F_{XX}$ . Diese Definition gibt jedoch nicht an, ob Yaus der Grundgesamtheit gezogen wird oder nicht. $F_{ST}$ nur in strukturierten Populationen sinnvoll. Ich nehme an Y, es würde ein Individuum bedeuten, das zufällig aus der Gesamtbevölkerung gezogen wird, was denkst du?
Ich bin mir nicht sicher, ob ich das Konzept von kinship of X with himselfauch verstehe. Wie kann sich dieser Wert von 1 unterscheiden? (Ich bin vielleicht zu sehr daran gewöhnt, in Bezug auf die Wahrscheinlichkeit der Identität durch Abstammung zu denken, um dieses Problem richtig zu denken.)
Laut dem Papier beträgt die Verwandtschaft mit sich selbst 0,5 in einer sexuellen Population.

Remi.b · Answer 1

Ich bin mir sehr unsicher, aber hier sind meine Gedanken...

Wir können trainieren

R_{X Y} = F_{X Y} / F_{X X}

$R_{XY} = F_{XY}/F_{XX}$

Ich verstehe das Konzept des Verwandtschaftskoeffizienten und das Konzept des Verwandtschaftskoeffizienten mit sich selbst nicht wirklich, aber Sie sagen

Laut dem Papier beträgt die Verwandtschaft mit sich selbst 0,5 in einer sexuellen Population

Nehmen wir also an

R_{X Y} = 2 F_{X Y}

$R_{XY} = 2F_{XY}$

Nehmen wir an, dass das Individuum Yirgendwo aus der Gesamtpopulation stammt. Auch hier verstehe ich das Konzept des Verwandtschaftskoeffizienten nicht wirklich, aber nehmen wir das an $F_{XY}$ ist dasselbe wie die Wahrscheinlichkeit der Identität durch Abstammung zwischen diesen beiden Personen, dann in Nei (1973) ausgedrückt, $F_{XY} = J_T = 1 - H_T$ . Somit, $R_{XY} = 2\left(1 - H_T\right)$ oder $H_T = 1-\frac{R_{XY}}{2}$

Angesichts dessen

F_{S T} = 1 - \frac{H_{S}}{H_{T}}

$F_{ST} = 1 - \frac{H_S}{H_T}$

es ergibt sich das

H_{T} = \frac{H_{S}}{1 - F_{S T}}

$H_T = \frac{H_S}{1-F_{ST}}$

und deshalb,

1 - \frac{R_{X Y}}{2} = \frac{H_{S}}{1 - F_{S T}}

$1-\frac{R_{XY}}{2} = \frac{H_S}{1-F_{ST}}$

lösen in

R_{X Y} = \frac{1 - \frac{H_{S}}{1 - F_{S T}}}{2} = \frac{1 - F_{S T} - H_{T}}{2 (1 - F_{S T})}

$R_{XY} = \frac{ 1 - \frac{H_S}{1-F_{ST}} }{2} = \frac{1-F_{ST} - H_T}{2(1-F_{ST})}$

Ich würde Ihnen empfehlen, etwas mehr über den Verwandtschaftskoeffizienten zu lesen, um sicherzustellen, dass meine Interpretation hier richtig ist.

Oh Remi, ich entschuldige mich. Die Sache ist, dass Harpending in der Zeitung sagt, dass die Verwandtschaft mit sich selbst 0,5 beträgt. Aber später in der Arbeit gibt Harpending eine andere Gleichung für die Verwandtschaft mit sich selbst in einer unterteilten Bevölkerung. Das ist die, von der ich dachte, dass sie verwendet werden sollte, da $F_{ST}$ impliziert eine unterteilte Bevölkerung, richtig? Also, das ist das, was ich oben bei der Formulierung meiner Frage verwendet habe.
Ok ... dann siehe neue Antwort! Ich bin mir aber nicht sicher, ob es eine Hilfe ist.

Remi.b · Answer 2

Ich bin mit den Konzepten des Verwandtschaftskoeffizienten nicht sehr zufrieden, aber

Wenn $F_{self} = F_{XX}$ , Dann

R_{X Y} = 2 F_{X Y} (1 + F_{S T})

$R_{XY} = 2F_{XY}(1 + F_{ST})$

Angenommen, das Yist ein zufälliges Individuum aus der Gesamtbevölkerung und wenn $F_{XY}$ ist die Wahrscheinlichkeit der Identität durch Abstammung von Haplotypen Xund Y(was ich mir nicht sicher bin, weil ich es nicht wirklich weiß), dann $F_{XY} = H_T$ und daher

R_{X Y} = 2 H_{T} (1 + F_{S T})

$R_{XY} = 2H_T(1 + F_{ST})$

Aber eigentlich bin ich mir da sehr unsicher. Beachten Sie auch, dass die kleine Berechnung auf der Gleichung basiert $F_{Self}$ = 1/2(1 + $F_{ST}$ , was ich nicht ganz verstehe! Ich würde Ihnen empfehlen, etwas mehr über den Verwandtschaftskoeffizienten zu lesen, um sicherzustellen, dass meine Interpretation hier richtig ist.

Ist der ursprüngliche Ausdruck $F_{Self} = \frac{1}{2(1 + $F_{ST})}$ oder $F_{Self} = \frac{1 + F_{ST}}{2}$ ? Es ist unklar aus dem Format, das Sie derzeit in der Frage verwenden. Ich habe wohl das falsche angenommen.
Ich habe versucht, das Format zu ändern, aber ich glaube nicht, dass es funktioniert hat. Ich telefoniere und werde für den Rest des Tages keinen Computer haben.

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