Was ist ein Aromakäfig und was macht er?

Epigenetik, 2. Aufl., Kapitel 3.6:

In ähnlicher Weise können methylierte Lysinreste, die in Histonschwänze eingebettet sind, von „aromatischen Käfigen“ gelesen werden, die in Chromodomänen oder ähnlichen Domänen (z. B. MBT, Tudor) enthalten sind, die in Komplexen enthalten sind, die nachgeschaltete Chromatin-modulierende Ereignisse erleichtern (siehe Kapitel 7 [Patel 2014] für strukturelle Erkenntnisse

Ich verstehe, dass es so etwas wie ein Proteinmotiv ist, aber ich kann mit Google keine gute Definition finden.

Das Googeln von „chromodomain aromatic cage“ führt zu diesem Artikel: „Epigenetic Virtues of Chromodomains“ (Crit Rev Biochem Mol Biol. 2011 Dec; 46(6): 507–526.), in dem „aromatischer Käfig“ als „Structure of the HP1 chromodomain gebunden an einen Lysin-9-methylierten Histon-H3-Schwanz." (Science. 2002;295:2080–2083.). Siehe Abbildung 3c in der ersten Veröffentlichung: "Das Peptid sitzt auf der kleinen DNA-Furche, wobei sein Methyllysin in den aromatischen Käfig mit vier Resten eingefügt ist."
Satz aus demselben Buch: ...The chromodomain forms an aromatic cage that has been well documented as a specific binding pocket to methylated histone residues.

Antworten (1)

Es bezieht sich auf die Strukturen in der PHD-Finger-Domäne und den Chromodomänen. Die aromatischen Aminosäurereste bilden eine käfigähnliche Struktur, die das methylierte Ammonium von Lysin über eine Kation-Pi-Wechselwirkung bedeckt und mit ihm wechselwirkt.

Die BPTF-PHD-Strukturen zeigen die Hauptmerkmale von PHD-Fingern, die H3K4me3 lesen können. Die Bindung erfolgt über einen aromatischen Käfig, in dem eine Trimethylammoniumgruppe durch Van-der-Waals- und Kation-–π-Wechselwirkungen stabilisiert wird, die denen ähnlich sind, die in Chromodomänen- , MBT-, PWWP- und Tudor-Domänen beobachtet werden. Dieser aromatische Käfig besteht aus einem Trp- und drei Tyr-Resten; und es hat drei Gesichter und einen „Deckel“, der sich hinter der Spitze von H3K4me3 befindet. Anschließend bestimmte Strukturen anderer Finger im Komplex mit den H3K4me3-Peptiden zeigen, dass der Käfig variiert und eine Kombination aus zwei bis vier aromatischen und hydrophoben Resten enthalten kann.

Geben Sie hier die Bildbeschreibung ein Margueron et al., 2009

Interessanterweise wird der Käfig im Bild links in einer 7-Propeller-Faltung unterstützt, aber er findet sich auch in diesem minimalen PHD-Fingerbereich (z. B. 1WEN), der viel kleiner ist. Kalt.
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