Wie isoliert man Wirtszell-RNA (tRNA,mRNA,rRNA) aus viraler RNA?

Ein Retrovirus mit RNA-Genom infizierte eine Wirtszelle. Sie möchten die RNA der Wirtszelle (rRNA, tRNA und mRNA) von der Virus-RNA isolieren. Auf welche Eigenschaften können Sie sich verlassen, um die drei Arten von Wirtszell-RNA zu bestimmen – zum Beispiel in Bezug auf ihre Größe, Komplexität, GC-Gehalt oder Häufigkeit in der Zelle? Die unbestimmte RNA kann als Virus-RNA identifiziert werden.

Das ist eine Hausaufgabenfrage, oder?
@Chris Ich bin ein Student der Bioingenieurwissenschaften und bereite eine Präsentation für die nächste Vorlesung vor, also ist es eine Art Hausaufgabe.
Also, was ist Ihre Idee, dieses Problem zu lösen?
Hier in Deutschland sind wir am Anfang des 2. Semesters und bis jetzt kann ich mir vorstellen, radioaktives Uracil zu verwenden, aber das würde nur die DNA von aller RNA "trennen". Eine andere Idee wäre die Polymerase-Kettenreaktion.
Geht diese Frage von einem unbekannten Virus aus? Sie trennen also die RNA, damit Sie das Virus sequenzieren und identifizieren können?
@ user137 nein, nur ein willkürlicher Retrovirus. Aber die Frage war, wie man die Virus-RNA von der Wirtszell-RNA trennt? Sie müssen also nicht angeben, um welche Art von Virus es sich handelt.
@Sam Nun, wenn Sie das Virus kennen und seine Gensequenz kennen, können Sie möglicherweise RT-PCR verwenden, um DNA-Kopien seiner RNA zu erhalten. Ich kann mir keine Möglichkeit vorstellen, die gesamte RNA aus einer Zelle zu entnehmen und die Wirts-RNA physisch von der viralen RNA zu trennen.

Antworten (1)

Thermo Fisher verfügt über ein Protokoll für die Trennung von Wirtssäugetier-RNA von prokaryotischer RNA, das für E. coli- und Human-, Maus- oder Rattensequenzen optimiert ist. Capture-Oligonukleotide binden Teile der Säuger-RNA und hybridisieren. Diese hybridisierten Oligo/RNA werden dann über "Oligonukleotid-derivatisierte Magnetkügelchen" aus der Lösung entfernt, wonach die verbleibende RNA, von der angenommen wird, dass sie von einem beliebigen Prokaryoten stammt, mit Ethanol ausgefällt werden kann. Wenn Sie genug über Ihren Virus und Ihren Host wissen, verstehe ich nicht, warum ein ähnlicher Assay nicht erstellt werden kann. Ansonsten hat Thermo Fisher zusätzliche Links zum RNA-Isolierungsprotokoll. Die meisten viralen Assays verwenden jedoch Serum, Plasma usw., da die Wirts-DNA/RNA zusammen mit der viralen RNA eluiert, wenn sie vorhanden ist, wie in Proben enthalten Zellen.

Retrovirus ist nicht prokaryotisch; damit das Kit möglicherweise nicht funktioniert. Aber das Prinzip ist, wie Sie erwähnt haben, das gleiche: Oligos adsorbieren, die spezifisch an virale RNA auf Beads binden und die virale RNA entfernen. Modifizierte Oligos wie LNA können für eine stärkere Bindung und längere Lebensdauer verwendet werden.
Richtig, ich dachte eher an einen modifizierten Assay, der auf den gleichen Prinzipien basiert.
Wie isoliert man Wirtszell-RNA (tRNA,mRNA,rRNA) aus viraler RNA?
AntwortenHierDatenschutz-Bestimmungen1y, 0v