Wie kann man die kontinentale Abstammungsgruppe (Rasse) mit Transkriptomdaten bestimmen, die mit RNA-Microarray erhalten wurden?

Angenommen, ich habe vollständige Genom-Expressionsdaten (Transkriptom) für einige menschliche Gewebeproben. Reichen diese Daten aus, um die kontinentale Ahnengruppe eines Spenders herauszufinden?

Antworten (1)

Wenn Sie genomische Varianten aus Ihren Daten aufrufen können, sollten Sie in der Lage sein, die Abstammung zu kartieren, je nachdem, wie Sie das Genom erfassen. Wenn Sie beispielsweise Sequenzierungs-Reads haben, können Sie Ihre Reads an einem Referenzgenom ausrichten und dann Varianten mithilfe vorhandener Pipelines aufrufen.

Sobald Sie Variantenaufrufe haben, können Sie Abstammungsinformationsmarker verwenden , um direkt auf die Abstammung Ihrer Probe zu schließen.

Oder Sie könnten vorhandene Software verwenden, um die Abstammung Ihrer Probe im Verhältnis zu anderen Proben bekannter Abstammung abzubilden, indem Sie ein Programm wie ADMIXTURE , STRUCTURE , EIGENSOFT oder einfach nur die Hauptkomponentenanalyse verwenden. Als Referenzproben können Sie einen öffentlich zugänglichen Datensatz wie HapMap 3 oder das Human Genome Diversity Project verwenden .

Danke @leekaiinthesky für die Antwort. Meinen Sie mit "Sequenzierungs-Reads" Lesevorgänge für die gesamte Genomsequenzierung oder nur kurze Lesevorgänge von proteinkodierenden Sequenzen?
Ich meinte RNA-seq-Reads. Aber es war nur ein Beispiel. Es hängt davon ab, mit welchen Daten Sie beginnen.
Wie kann man die kontinentale Abstammungsgruppe (Rasse) mit Transkriptomdaten bestimmen, die mit RNA-Microarray erhalten wurden?
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