In der Molekularbiologie und Genetik ist ein Transkriptionsfaktor ein Protein, das an spezifische DNA-Sequenzen bindet und dadurch den Fluss (oder die Transkription) genetischer Informationen von der DNA zur Boten-RNA steuert.
Meine Frage ist einfach, wie viele Transkriptionsfaktoren in den Genomen von:
Da die Anzahl der menschlichen TFs in den vorherigen Antworten diskutiert wurde, beschränke ich mich auf Anopheles gambiae .
In derselben Ausgabe von Science , in der Holt et al. veröffentlichten eine Genomsequenz für Anopheles gambiae ( 1 ), Zdobnov et al. veröffentlichte einen Vergleich der Genome von A. gambiae und Drosophila melanogaster . ( 2 ) Während sich die beiden Arten vor etwa 250 Millionen Jahren voneinander unterschieden und das Genom von D. melanogaster etwa doppelt so groß ist wie das Genom von A. gambiae , zeigen sich die beiden Arten immer noch große Ähnlichkeiten und eine ähnliche Anzahl von Proteinen.
Die Autoren identifizierten 6089 Proteinpaare als „klare Orthologe“, was 47 % bzw. 44 % der Anophelesand- und Drosophila-Proteine entspricht. Man könnte daher versucht sein, die Zahl der TFs in A. gambiae ähnlich wie in D. melanogaster zu schätzen . Für Letztere listet die FlyTF-Datenbank ( http://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/genomes/FlyTF/old_index.html ) derzeit 753 mutmaßliche standortspezifische TFs und 454 „gut unterstützte“ Kandidaten auf. Kürzlich haben Hammonds et al. identifizierte 708 Melanogaster -Gene, „die wahrscheinlich für sequenzspezifische DNA-bindende TFs kodieren“.( 3 )
Bearbeiten: Vielleicht möchten Sie sich auch die folgende Frage zu Biostars ansehen: http://www.biostars.org/p/53590/
Ziemlich interessante Frage. Es gibt ein paar Zahlen, ich erinnere mich, dass ungefähr 10% der menschlichen Gene für Transkriptionsfaktoren codieren (leider erinnere ich mich nicht an die Quelle dafür).
Dieses Papier aus dem Jahr 2002 schätzt zwischen 2000 und 3000 Faktoren:
Dieses Papier aus dem Jahr 2009 gibt eine Anzahl von 1391 manuell kuratierten Faktoren an und spekuliert auch über eine Anzahl von 2000 - 3000 Faktoren insgesamt. Das ist auf jeden Fall interessant zu lesen.
Amos Bairoch von SWISSProt/UniProt hat die Nextprot- Datenbank eingerichtet, eine manuell kuratierte Wissensdatenbank für menschliche Proteine. Das wird Ihnen zwar nicht helfen, eine Nummer für die Mücke zu bekommen, aber es macht es einfach, eine Liste menschlicher Proteine abzurufen, die als Transkriptionsfaktoren annotiert sind.
Die Suche nach „Transkriptionsfaktor“ im Reiter „Funktion“ liefert 1405 Treffer. Sie werden feststellen, dass die meisten Antworten trotz kleiner Unterschiede im selben Bereich liegen, aber denken Sie daran, dass viele davon angenommene TFs sind und es eine Weile dauern wird, bis alle experimentell bestätigt wurden, dass sie in vivo als solche wirken .