Additive genetische Varianz mit nnn-Allelen

Question

Additive genetische Varianz mit nnn-Allelen

Biologie
Evolution
natürliche Auslese
Populationsbiologie
Mathematische Modelle
Populationsdynamik

Remi.b

Die genetische Varianz eines quantitativen Merkmals (das fragliche quantitative Merkmal ist Fitness) kann als Summe zweier Komponenten ausgedrückt werden, der Dominanz und der additiven Varianz:

σ_{D}^{2} + σ_{A}^{2} = σ^{2}

$\sigma_D^2 + \sigma_A^2 = \sigma^2$

, Wo $\sigma$ ist die genetische Varianz, $\sigma_D^2$ ist die Dominanzvarianz und $\sigma_A^2$ ist die additive Varianz. $\sigma_D^2$ Und $\sigma_A^2$ werden von gegeben

σ_{D}^{2} = X^{2} (1 - X)^{2} (2 \cdot W_{12} - W_{11} - W_{22})^{2}

$\sigma_D^2 = x^2(1-x)^2(2\cdot W_{12} - W_{11} - W_{22})^2$

σ_{A}^{2} = 2 X (1 - X) (X W_{11} + (1 - 2 X) W_{12} - (1 - X) W_{22})^{2}

$\sigma_A^2 = 2x(1-x)(xW_{11}+(1-2x)W_{12} - (1-x)W_{22})^2$

, Wo $W_{11}$ , $W_{12}$ Und $W_{22}$ sind die Fitness der drei möglichen Genotypen und $x$ Und $1-x$ Geben Sie die Allelfrequenzen an.

Frage

Die obige Definition ist für einen biallelischen Locus sinnvoll.

Wie sind $\sigma_D^2$ , $\sigma_A^2$ Und $\sigma^2$ für einen Locus definiert, die haben $n$ Allele?

Hier ist eine verwandte Frage

rg255

dies könnte eine nützliche Ressource für Sie sein @ Remi.b - Ich werde das Buch von Falconer und Mackay morgen auch bei der Arbeit lesen nitro.biosci.arizona.edu/zbook/NewVolume_2/newvol2.html

rg255

mag diese Frage wirklich, habe heute einige Zeit am Whiteboard verbracht und versucht, sie zu lösen! gute Fortschritte gemacht!

rg255

Kapitel 4 von Lynch und Walsh scheint sich damit zu befassen - ab ungefähr Tabelle 4.2

Remi.b

@GriffinEvo Auf welcher Seite ist es? Ich konnte Tabelle 4.1 auf Seite 11 und Tabelle 4.3 auf Seite 22 finden! Tabelle 4.2 liegt wohl dazwischen :D

rg255

In meiner Kopie ist es Seite ~77, ich denke, Sie sollten Gleichung 4.23a und einige der vorangegangenen Abschnitte über "durchschnittliche Exzesse" sehen - dies ist Lynch- und Walsh-Genetik und Analyse quantitativer Merkmale. Ich bin die nächsten Tage weg, werde aber versuchen, dies in einen R-Code mit Daten zu schreiben, um es nächste Woche zu testen - vielleicht sollten wir in den Chatraum gehen, um mehr zu besprechen!

Antworten (1)

Additive genetische Varianz mit nnn-Allelen

dies könnte eine nützliche Ressource für Sie sein @ Remi.b - Ich werde das Buch von Falconer und Mackay morgen auch bei der Arbeit lesen nitro.biosci.arizona.edu/zbook/NewVolume_2/newvol2.html
mag diese Frage wirklich, habe heute einige Zeit am Whiteboard verbracht und versucht, sie zu lösen! gute Fortschritte gemacht!
Kapitel 4 von Lynch und Walsh scheint sich damit zu befassen - ab ungefähr Tabelle 4.2
@GriffinEvo Auf welcher Seite ist es? Ich konnte Tabelle 4.1 auf Seite 11 und Tabelle 4.3 auf Seite 22 finden! Tabelle 4.2 liegt wohl dazwischen :D
In meiner Kopie ist es Seite ~77, ich denke, Sie sollten Gleichung 4.23a und einige der vorangegangenen Abschnitte über "durchschnittliche Exzesse" sehen - dies ist Lynch- und Walsh-Genetik und Analyse quantitativer Merkmale. Ich bin die nächsten Tage weg, werde aber versuchen, dies in einen R-Code mit Daten zu schreiben, um es nächste Woche zu testen - vielleicht sollten wir in den Chatraum gehen, um mehr zu besprechen!

Peter · Answer 1

Nun, die totale genetische Varianz ist einfach, per Definition der Varianz,

σ^{2} = \sum_{ich, J} F_{ich} F_{J} (w_{ich J} - \bar{w})^{2}

$\sigma^2 =\sum_{i,j} f_i f_j (w_{ij}-\bar{w})^2$ (unter Verwendung

f_{i}

$f_i$ Und

w_{i j}

$w_{ij}$ für Frequenz bzw. Fitness) und

\bar{w} = \sum_{ich, J} F_{ich} F_{J} w_{ich J}

$\bar{w} = \sum_{i,j} f_i f_j w_{ij}$ ist nur die durchschnittliche Fitness.

Sie können die additive genetische Varianz für verschiedene Loci berechnen, indem Sie einfach annehmen, dass es keinen Dominanzeffekt gibt, dh die Allele sind unabhängig. Wenn es hilft, betrachten Sie es als quantitatives Merkmal in einem haploiden Organismus. Daher,

σ_{A}^{2} = \sum_{ich, J} F_{ich} F_{J} (w_{ich} w_{J} - {\bar{w}}^{'})^{2} = \sum_{ich} F_{ich} (w_{ich} - {\bar{w}}^{'})^{2} .

$\sigma^2_A =\sum_{i,j} f_i f_j (w_iw_j-\bar{w}')^2 = \sum_i f_i(w_i-\bar{w}')^2.$ mit

F_{ich} = \sum_{J} F_{ich J}; w_{ich} = \sum_{J} F_{ich J} w_{ich J}; {\bar{w}}^{'} = \sum_{ich} F_{ich} w_{ich};

$f_i=\sum_jf_{ij}; w_i=\sum_j f_{ij}w_{ij}; \bar{w}' = \sum_i f_i w_i;$

Vielen Dank für Ihre Antwort. Könnten Sie mir bitte helfen, die Formel für zu entwickeln $\sigma_A^2$ für eine diploide Bevölkerung?
dies sollte für eine diploide Population gelten. Die additive genetische Varianz ist definiert als die Varianz in einer Population, in der es keine Interaktionseffekte zwischen Genotypen gibt, also $w_{ij}$ kann geschrieben werden als $w_iw_j$
Es tut mir leid, dass ich vielleicht etwas langsam verstehe :)… Können Sie bitte die Entwicklung zeigen, um zurück zu finden $\sigma_A^2 = 2x(1-x)(xW_{11}+(1-2x)W_{12} - (1-x)W_{22})^2$ aus deinen Gleichungen? Danke schön.

Additive genetische Varianz mit nnn-Allelen

Remi.b

rg255

rg255

rg255

Remi.b

rg255

Antworten (1)

Peter

Remi.b

Peter

Remi.b

Additive genetische Varianz mit nnn Loci

Definition von Linkage Desiquilibrium (LD)

Dominanz/Rezessivität neuer Mutationen

Heterozygotie und Überdominanz

Populationsgenetik und die Fitness-Wahrscheinlichkeitsverteilung. Warum ist das arithmetische Mittel alles, was wir brauchen?

Wie berechnet man die effektive Populationsgröße (NeNeN_e) mit überlappenden Generationen?

Koaleszenztheorie - Unabhängigkeit von Koaleszenzzeiten

Erwartete Zeit für ein neutrales Allel, um eine Frequenz von p1p1p_1 zu erreichen, wenn es bei der Frequenz p0p0p_0 beginnt

Drakes Gesetz. Wie hoch ist die genomweite Mutationsrate und wie lauten die Schätzungen?

Warum erzeugt genetische Drift ein negatives Kopplungsungleichgewicht?