Kann RNA aus in Formalin suspendiertem Gewebe extrahiert werden?

Formaldehyd bildet mit RNA Addukte und kann sie auch anfälliger für Abbau machen. Es kann auch dazu führen, dass sich zwischen RNA und Proteinen (oder möglicherweise anderen RNAs) Quervernetzungen bilden. Aus all diesen Gründen ist die Extraktion hochwertiger RNA aus Formaldehyd-fixierten Proben sehr schwierig und die Ausbeute gering ( Howat und Wilson, 2014 ).

Schauen Sie sich diesen Artikel von Evers et al. (2011) , die optimale Bedingungen für die Entfernung der Formaldehyd-Addukte untersucht. Diese Studie beinhaltet jedoch keine tatsächliche RNA-Extraktion aus fixierten Geweben, was noch schwieriger wäre.

Das RNeasy FFPE-Kit von Qiagen behauptet, speziell für die RNA-Extraktion aus Formaldehyd-fixierten Proben entwickelt worden zu sein. Laut Produktbeschreibung enthält der Lysepuffer Substanzen, die die durch Formaldehyd gebildeten Modifikationen rückgängig machen. Es gibt ein ähnliches Kit von Thermo-Fisher . Russel et al. (2013) berichten, dass die RNA-Ausbeute zwischen fixierten (unter Verwendung des Qiagen RNeasy FFPE-Kits) und unfixierten Proben (unter Verwendung des Qiagen RNeasy Plus mini Total RNA Extraction Kit) ähnlich war.

Soll ich das Gewebe homogenisieren, bevor ich das Formalin entferne oder danach?

Homogenisieren nach dem Entfernen von Formalin. Da die Gewebe aufgrund der Formaldehyd-Fixierung bereits spröde sind, müssen Sie keine scharfen Homogenisierungsverfahren anwenden. Vorsichtig pipettieren. Sie können Proteinase-K und DNAse verwenden, um Proteine ​​bzw. DNA zu entfernen (das RNeasy-Kit umfasst diese Schritte).

Für zukünftige Experimente können Sie die Gewebe später in RNA- Lösung ( Thermo-Fisher ; oder ähnliche Formulierungen von anderen Anbietern/Laboren) aufbewahren. Bewahren Sie einen Teil des Gewebes in Formaldehyd für IHC/ISH und den anderen in RNA später für die RNA/DNA-Extraktion auf.