Wie lange kann ich extrahierte RNA aufbewahren?

Wenn ich RNA aus einer (Blattgewebe-)Probe mit einer einstufigen Phenol:Chloroform-Extraktion extrahiere, wie lange können diese Proben bei -80 °C gelagert werden? Und wie oft kann ich sie auftauen und wieder einfrieren, bevor sie sich verschlechtern?

Ich vermute, dass dies stark von der Aufreinigung der Probe abhängt, reine RNA (z. B. kein Mg2+) kann bei niedrigeren Temperaturen sehr lange gelagert werden. Reine RNA in Wasser kann bei 4°C monatelang stabil sein. Das Einfrieren und Auftauen von RNA kann die Faltung beeinflussen (bei RNA mit wichtiger Tertiärstruktur), wie ich beobachtet habe.
Wenn Sie sich Sorgen über das Einfrieren/Auftauen machen, teilen Sie sie in mehrere Röhrchen auf – auf diese Weise tauen Sie nur das auf, was Sie verwenden müssen.

Antworten (3)

Ich habe festgestellt, dass extrahierte RNA mit kommerziellen Kits viele Jahre bei -80 ° C stabil geblieben ist. Ich würde sie jedoch vor dem Einfrieren sicherlich aliquotieren, da RNA besonders empfindlich gegenüber Gefrier-Tau-Spaltung ist.

Wir haben tatsächlich den Abbau von viralen RNA-Extrakten überprüft, und sie werden größtenteils mehr als ein Jahr bei -80 standhalten. Wir haben jedoch mehr Stabilitätsvariationen gesehen, die mit der Sequenz korrelieren, als wir erwartet hatten.
Das ist interessant - wie haben Sie die Verschlechterung gemessen? Ich stelle mir vor, dass ein Abbau, der beispielsweise eine signifikante Auswirkung auf RNASeq haben könnte, auf einem Gel nicht sichtbar wäre.

Wir können extrahierte RNA einige Wochen bei -80 °C aufbewahren, aber vor Beginn jeglicher Experimente muss sie durch Gelelektrophorese validiert werden.

Ich halte meine RNA in 1 mM Natriumcitrat pH 6,4. Citrat ist ein Chelatbildner und hilft, die zweiwertigen Metalle einzufangen, die viele RNAsen für ihre Arbeit benötigen. Der niedrigere pH hilft auch, die RNAse-Aktivität zu hemmen. EDTA könnte als Chelatbildner wirken, aber es chelatiert nur gut bei pH-Werten, bei denen die RNAse-Aktivität schlechter ist. Citrat ergibt sowohl eine Chelatbildung als auch einen niedrigen pH-Wert.

Natürlich halte ich auch meine RNA bei -80.

Müssen Sie etwas Besonderes tun, um das Citrat zu entfernen, wenn es an der Zeit ist, die RNA zu verwenden, beispielsweise um cDNA herzustellen?
Ich habe nie irgendwelche Probleme bemerkt, aber ich habe nie wirklich überprüft. Ich arbeite erst seit ein paar Monaten mit RNA und mein Labor befindet sich in einem alten Gebäude mit viel Staub, daher war die RNAse-Kontamination ein größeres Problem als die Enzymaktivität. Eine Isopropanol-Fällung sollte ausreichen, um die RNA vor allen Reaktionen zu reinigen, wenn sich Citrat als Problem erweist.
Wir sind auch in einem alten, staubigen Gebäude und RNase ist auch für uns ein Problem. Danke für den Tipp - ich werde prüfen, ob es für RNAseq-Zwecke funktioniert.
Wie lange kann ich extrahierte RNA aufbewahren?
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