Marker für die humangenetische Kartierung

SNPs sind viel dichter als RFLPs und VNTRs, daher ist die DNA-Auflösung bei SNPs viel größer. VNTRs wurden historisch für die Kopplungskartierung verwendet, während SNPs Assoziationsstudien (z . B. GWA-Studien ) ermöglichten. Daher geht Ihre Frage darauf ein, was die Unterschiede zwischen Kopplungskartierung und Assoziationsstudien sind.

Beides sind vorwärtsgenetische Methoden, die darauf abzielen, eine genetische Veränderung zu identifizieren, die ein Merkmal hervorruft.

Die beiden Hauptunterschiede zwischen beiden Ansätzen sind: 1) Kopplungskartierung erfordert einen Stammbaum, kann aber mit einer relativ kleinen Stichprobengröße durchgeführt werden, während 2) Assoziationsstudien auf Bevölkerungsebene durchgeführt werden können, aber normalerweise eine viel größere Stichprobengröße erfordern.

Beide Ansätze erfordern Markierungen, jedoch aus unterschiedlichen Gründen. Für die Kopplungskartierung werden Marker wie Mikrosatelliten verwendet, um die mit dem Merkmal assoziierte genomische Region abzugrenzen und Rekombinationsereignisse im Genom zu nutzen, um diese Region zu bestimmen. Dies erfordert natürlich sowohl 1) rekombinante Individuen im Stammbaum als auch 2) mindestens einen Marker, der mit dem Merkmal gemeinsam vererbt wird. Die Kopplungskartierung ermöglicht das Auffinden praktisch aller genetischen Modifikationen, wie z. B. einer genomischen Deletion, jedoch nur im Fall einer genetischen Modifikation, die eine hohe Penetranz aufweist.

Für Assoziationsstudien sind Marker die eigentliche genomische Modifikation selbst (normalerweise SNPs) und werden direkt in statistischen Tests (oft eine logistische oder lineare Regression) für die Assoziation mit dem Merkmal verwendet. Das bedeutet, dass entweder 1) der ursächliche Marker verfügbar ist oder 2) mindestens ein Marker in hohem Maße mit der ursächlichen Mutation co-vererbt wird (dh in einem Kopplungsungleichgewicht). Assoziationsstudien ermöglichen es, bei einer ausreichend großen Stichprobengröße sowohl Mutationen mit niedriger als auch mit hoher Penetranz zu finden. Auch kann eine Assoziationsstudie in Gegenwart eines nicht-diskreten (dh linearen) Phänotyps durchgeführt werden, den man nicht bei der Kopplungskartierung verwenden kann.

Ein weiterer Unterschied besteht darin, dass für die Kopplungskartierung keine a priori Kenntnis der genomischen Modifikation erforderlich ist, die das Merkmal verursacht, während Assoziationsstudien dies tun (da Marker statistisch mit dem Phänotyp assoziiert sind).

Normalerweise heben beide Methoden mit unterschiedlicher Auflösung basierend auf dem verwendeten Phänotyp und den verwendeten Markern die genomische Region hervor, die ein Merkmal verursacht, aber selten wird die tatsächliche kausale Mutation mit 100%iger Sicherheit gefunden.