Phagemid-Display

Wenn ich einen Bakteriophagen für die Phagenpräsentation verwende und versuche, Aviditätseffekte durch die Verwendung eines Helferphagen zu vermeiden, was wäre der beste Weg, um eine große Bibliotheksgröße aufrechtzuerhalten und gleichzeitig alles monomer zu halten? Ich frage in Bezug auf die Aufrechterhaltung eines angemessenen Infektionsverhältnisses und / oder Phagentricks und -werkzeuge, um diese Stöchiometrie aufrechtzuerhalten.

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Antworten (1)

Ich habe Artikel in Nature gefunden:

Ein Helfer-Phage zur Verbesserung der Einzelketten-Antikörper-Präsentation im Phagen-Display

Versuchsprotokoll

Standard-Klonierungsverfahren, Bestimmung von koloniebildenden Einheiten und Plaque-bildenden Einheiten und Immunoblot nach PAGE wurden gemäß Sambrook et al.

Aufbau der Verpackungszelllinie.

DH5alpha/pIII [M13KO7DeltapIII]. Das mit dem Promotor P/A1/04/03 (Ref. 17) fusionierte M13-pIII-Gen wurde in die multiple Klonierungsstelle des LambdaattP-Plasmids pLDR9 (Ref. 18) inseriert. Der Replikationsursprung und das Kanamycin-Resistenzgen wurden ausgeschnitten und die verbleibende nicht-replikative LambdaattP-pIII-DNA religiert. Das Plasmid pLDR8 (Ref. 18) enthaltendes Escherichia coli DH5alpha wurde mit der nicht-replikativen LambdaattP-pIII-DNA transformiert und auf Agarplatten ausplattiert, die 25 &mgr;g/ml Ampicillin enthielten. Nach Inkubation über Nacht bei 42°C wurden die erhaltenen Kolonien replikativ ausplattiert und Ampicillin-resistente Klone identifiziert, die als E. coli DH5alpha/pIII bezeichnet wurden. Anschließend wurden sie mit M13KO7DeltapIII transformiert, wodurch die Verpackungszelllinie E. coli DH5alpha/pIII [M13KO7DeltapIII] entstand.

Produktion von Phagen.

Um M13KO7DeltapIII-Helferphagen zu erhalten, wurde M13KO7DeltapIII-DNA in E. coli K802, enthaltend pNDI (Ref. 15), elektrotransfiziert. Um Hyperphagen zu erhalten, wurde M13KO7DeltapIII-DNA in E. coli DH5alpha/pIII elektrotransfiziert. Phagen wurden durch Kultivierung in Gegenwart von 0,5 mM Isopropyl-beta-D-thiogalactosid (IPTG) bei 30°C für 24 h unter Schütteln bei 200 U/min Escherichia coli Top10F' oder E. coli Xl1blue, die das pSEXphOx(Yol)-Phagemid oder tragen, hergestellt eine scFv-Bibliothek in pSEX81 wurden mit einer Helfer-Phagen-Präparation bei einer OD600 von 0,1 bei einer Infektionsmultiplizität von 20 wie beschrieben infiziert.

Phagenquantifizierung durch ELISA.

Verdünnungsreihen von Phagen wurden in 100 mM NaHCO 3 , pH 8,6, in MaxiSorb ELISA-Platten (Life Technologies, Karlsruhe, Deutschland) für 16 h bei 4°C beschichtet. Die Blockierung erfolgte mit 2 % Magermilchpulver in PBS (137 mM NaCl, 3 mM KCl, 8 mM Na2HPO4, 1 mM KH2PO4, pH 7,3) für 2 h bei Raumtemperatur. Phagen wurden mit dem monoklonalen Maus-Antikörper B62-FE2 (Progen, Heidelberg, Deutschland) nachgewiesen, der spezifisch ein Epitop auf dem pVIII-Haupthüllprotein des M13-Phagen bindet. Zur Standardisierung wurden M13KO7-Phagen bekannter koloniebildender Einheiten verwendet.

Immunoblot.

Ungefähr 1010 Phagen wurden pro Bahn auf ein 10 % Polyacrylamidgel aufgebracht. Die Blockierung erfolgte mit 2 % Magermilchpulver in PBS für 2 h bei Raumtemperatur. Die Immunfärbung erfolgte mit dem Maus-mAb Anti-g3p (MoBiTec, Göttingen, Deutschland), der das pIII-Hüllprotein von M13KO7 erkennt, sichtbar gemacht mit 3,3', 5,5'-Tetramethylbenziden (TMB)-Substrat (Promega, Madison, WI).

Antigen-bindender Phagen-ELISA.

Verdünnungsreihen von BSA-phOx-Antigen in 100 mM NaHCO 3 , pH 8,6, wurden in MaxiSorb-ELISA-Platten (Life Technologies) für 16 h bei 4°C aufgetragen. Nach dem Blockieren der unspezifischen Bindung mit 2 % Magermilchpulver in PBS für 2 h bei Raumtemperatur wurden 2 mal 109 einkettige Phagen verdünnt in 2 % Magermilchpulver in PBS für 1 h bei Raumtemperatur in jede Vertiefung gegeben. Nach sechsmaligem Waschen mit 400 &mgr;l PBS pro Vertiefung wurden die gebundenen Phagen mit mAb B62-FE2 wie oben beschrieben nachgewiesen.

Schwenken.

Eine menschliche scFv-Fragmentbibliothek in pSEX81 mit einer berechneten maximalen Komplexität von 2 mal 107 wurde aus Präparationen peripherer Lymphozyten wie beschrieben erzeugt21. Sechs ELISA-Vertiefungen (Life Technologies) wurden mit Tetanustoxin, erhalten von Virotech (Rüsselsheim, Deutschland) in einer Konzentration von 0,1 ml/ml in 100 mM NaHCO 3 , pH 8,6, für 16 h bei 4°C beschichtet. Die Vertiefungen wurden mit 2 % Magermilch in PBS für 2 h bei Raumtemperatur blockiert, wonach 1011 Phagen der Bibliothek auf jede Vertiefung aufgetragen und über Nacht bei 4°C inkubiert wurden. Nach fünf Waschgängen mit PBS/0,1 % Tween und fünf Waschgängen mit PBS wurden gebundene Phagen mit 1 µg/ml Trypsin (Life Technologies) in PBS für 15 min bei Raumtemperatur eluiert. Eluierte Phagen wurden für die Infektion von 20 ml E. coli XL1blue bei einer OD600 von 0,4 verwendet.

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Sieht gut aus Devashish Das. Ich werde warten, bis ich sicher bin, dass ich keine bessere Antwort bekomme, aber ich denke, dass das Papier es ziemlich gut abgedeckt hat.
Ich weis das zu schätzen.
Wow! Danke für die Beantwortung einer so alten Frage. Ich bin mir nicht ganz sicher, ob dies die Aviditätsprobleme löst.
@bobthejoe: Danke!! Können Sie ein wenig hinzufügen, was mir darin fehlt?