Ich habe ein PCR-Produkt von ~300 bp auf einem 2%igen TAE-Agarosegel 30 Minuten lang laufen lassen. Ich habe Sybr-safe als DNA-Färbemittel verwendet. Spannung war 80V.
Als ich das Gel abbildete, war die DNA auf der unteren Hälfte des Gels, einschließlich der Leiter , verschwunden (sie zeigte keine Banden). Die DNA in der oberen Hälfte sah klar und gut getrennt aus, aber die Banden auf der Unterseite fehlten irgendwie.
Was könnte der Grund sein? Das ist mir noch nie begegnet.
Ich weiß, dass es nicht an einer Überhitzung des Gels liegt - ich habe das Gel im Kühlraum laufen lassen und als es fertig war, fühlte es sich kalt an.
Wenn Sie eine Vorfärbung verwenden, wandert die Färbung im elektrischen Feld mit und dies kann dazu führen, dass einige Teile des Gels ungefärbt bleiben. Das würde ziemlich genau so aussehen, wie Sie es beschreiben, die Leiter, die ebenfalls unsichtbar ist, deutet stark darauf hin, dass dieser Teil des Gels nicht richtig gefärbt ist.
Klingt bei deinen Laufparametern etwas unwahrscheinlich, das habe ich nur bei einem sehr lange laufenden Gel gesehen, aber ich benutze auch schon seit geraumer Zeit keine Vorfärbung mehr. Ethidiumbromid ist positiv geladen und wandert in die entgegengesetzte Richtung wie die DNA, ich habe jedoch keine Erfahrung mit Sybr-Safe und weiß nicht, ob es sich in dieser Hinsicht genauso verhält wie EtBr.
Benutzer4325