Was ist, wenn überhaupt, der Unterschied zwischen kovalent geschlossener zirkulärer DNA und Plasmiden? [geschlossen]

Als beschreibender Begriff können wir kovalent geschlossene, zirkuläre DNA (cccDNA) für bare Münze nehmen: Jede DNA, die zirkulär ist und deren Enden durch kovalente Bindungen verbunden sind, kann als cccDNA bezeichnet werden. Somit sind Plasmide eine Art von cccDNA, aber nicht alle cccDNA sind Plasmide. Lehrbücher und Dozenten beschreiben Plasmide als cccDNA für die Zwecke der DNA-Topologie. Diese Verwendung taucht auch in der Literatur auf. cccDNA kann sich auch auf zirkularisierte virale DNA beziehen , die eine andere Art von Episom ist. Beachten Sie, dass die verlinkten Artikel lediglich Beispiele dafür sind, wie der Begriff verwendet wird, und keine maßgeblichen Definitionen.

Die kurze Antwort auf diese Frage ist nein, sie sind nicht dasselbe.

Die lange Antwort lautet jedoch, dass sie in einigen Fällen austauschbar sein können. Ich möchte den Vergleich mit der Münze anstellen – so wie man sie in einigen (eigentlich längst nicht immer) Fällen auf die eine oder andere Seite drehen kann, kann eine cccDNA zu einem Plasmid werden und umgekehrt. cccDNA ist keine eigenständige Einheit – sie ist kein Bestandteil der Zelle, wie es ein Plasmid sein kann. Es ist eine Phasedes Replikationszyklus einiger Viren. Es ist in den Viren der Gruppen I und VII gemäß der Baltimore-Klassifikation zu finden. Dies bedeutet Viren, die DNA in ihrem Virion enthalten (das Virion ist das, was Sie normalerweise als Virus betrachten würden, es ist das, was Sie auf all diesen Elektronenmikroskopbildern im Internet sehen, und es ist das, was als Virus aus der Zelle heraus existiert). Einige der Mitglieder dieser Virengruppen haben Genome, die sich, sobald sie sich in der Zelle befinden, mithilfe von cccDNA replizieren können. Hier ist ein Beispiel für ein Virus, das seine zirkuläre DNA zur Replikation verwendet:

Es verwendet diese Form seines Genoms, weil es seine Replikation erleichtert, da das Enzym, sobald es mit der Replikation beginnt, mehrere Kreise machen kann, ohne anzuhalten. Es ist eine Replikationsstrategie, die Viren verwenden, während ein Plasmid ein mobiles genetisches Element ist. Das bedeutet, dass per Definition immer eine Zelle benötigt wird . Nun, es ist wahr, dass Plasmide zu Viren und Viren zu Plasmiden werden können, wenn Gene vorhanden sind, die für die Proteine ​​kodieren, die zum Aufbau ihrer Virionen benötigt werden, aber von einem rein definitiven Standpunkt aus gesehen sind sie unterschiedlichDinge. In Wirklichkeit ist es jedoch möglich, dass ein Plasmid die Gene erhält, die es benötigt, um ein Virus zu werden, und dass ein Virus sie verliert und ein Plasmid wird. Tatsächlich ist dies ein Prozess, der häufig in der rekombinanten DNA-Technologie verwendet wird, um Gene von einem Bakterium auf ein anderes durch Viren zu übertragen, da diese Plasmide oft in das zelluläre Genom aufgenommen werden und die Gene, die sie tragen, darin enthalten. Siehe 3. Dies ist der große Unterschied zwischen einem kreisförmigen viralen Genom, das sich in der Zelle repliziert, und einem Plasmid. Ja, sie können in der Form ähnlich aussehen , aber sie sind nicht dasselbe wie die Funktion .

Topoisomere sind unterschiedliche Formen von DNA, die in der Sequenz gleich sind, sich aber in ihrer speziellen Struktur unterscheiden. DNA kann unterschiedliche Formen annehmen, je nachdem, wie sie sich im Raum faltet. Diese unterschiedlichen Formen werden als Topoisomere bezeichnet.