Wie ziehe ich Rückschlüsse aus dem Autoradiogramm eines Southern Blots?

Hier ist eine weitere Frage aus "Concepts of Genetics", Klug et al (10ed), die sich um einen Vaterschaftstest dreht. PCR und ein Southern-Blot wurden durchgeführt, um zu bestimmen, ob 3 Schimpansen (Spuren 3, 4, 5 im Blot unten) die "echten" Nachkommen von 2 potentiellen Eltern (Spuren 1 und 2) waren.

Die Frage macht deutlich, dass die Primer, die zur Bindung an die Schimpansen-DNA verwendet werden, von Menschen stammen und dass sie "hochgradig polymorphe Stellen in der menschlichen DNA flankieren, die aus einer variablen Anzahl von Tandem-Nukleotid-Wiederholungen resultieren". Meine erste Frage ist , was genau bedeutet "flankieren" in diesem Zusammenhang? Es klingt für mich so, als ob die menschliche DNA die Schimpansen-DNA "spiegelt" und sie daher gut genug macht, um sie als Primer zu verwenden, aber ich bin mir nicht sicher.

Ich bin auf ein paar andere Beispiele gestoßen, die nicht im Text enthalten sind, wie man daraus schließen kann, ob ein potenzieller Elternteil tatsächlich ein Elternteil ist, basierend darauf, ob die Spur des Nachwuchses Bänder enthält, die sowohl in der mütterlichen als auch in der väterlichen Spur gefunden werden, was mich glauben lässt, dass ich herrschen kann den Schimpansen in Bahn 5 aus.

Ich habe fünf Antworten zur Auswahl, um zu entscheiden, welche der Nachkommen, falls vorhanden, legitim sind:

  1. Keiner
  2. A nur
  3. Nur A und B
  4. Nicht genug Daten; Es sollten mehr polymorphe Stellen untersucht werden
  5. Es kann keine Schlussfolgerung gezogen werden, da "menschliche" Primer verwendet wurden

Hauptfragen: Verursacht die Tatsache, dass wir menschliche DNA als Primer verwenden, irgendwelche Probleme? Wissen wir genug von diesem Fleck, um die Vaterschaft festzustellen?

Geben Sie hier die Bildbeschreibung ein

Für Ihre erste Frage könnte der Satz wie folgt umgeschrieben werden: "befinden sich auf beiden Seiten hochgradig polymorpher Stellen in der menschlichen DNA, die aus einer variablen Anzahl von Tandem-Nukleotid-Wiederholungen resultieren."
Okay, das macht viel mehr Sinn, danke für die Klarstellung.
Ein Southern Blot muss mit markierter DNA sondiert werden. Aus Ihrer Beschreibung geht nicht klar hervor, woher eine solche Sonde stammt. Auch Southern Blots werden normalerweise nicht verwendet, um solch kurze DNA-Stücke aufzulösen und nachzuweisen – tatsächlich bräuchte man einen extrem hohen Prozentsatz an Agarose in einem Gel, um diese Auflösung zu erreichen. Das deutet darauf hin, dass es sich tatsächlich um ein Polyacrylamidgel handelt und es sich daher wahrscheinlich nicht um einen Southern Blot handelt. Die Tatsache, dass die Primer mit Sequenzen im menschlichen Genom übereinstimmen, ist irrelevant. Die Frage betrifft die Verwendung von VTNR als dominante genetische Marker, um genomische DNA-Proben mit einem "Fingerabdruck" zu versehen.

Antworten (1)

Wie @canadianer im Kommentarbereich betonte, ist die flankierende Sequenz eine Sequenz, die sich auf beiden Seiten unmittelbar in der Nähe des Ziels befindet. Da Schimpansen und Menschen eng miteinander verwandt sind und der Sequenzunterschied minimal ist (laut diesem Artikel sind es ungefähr 4% für das gesamte Genom), ist die Verwendung menschlicher Primer völlig in Ordnung. Wenn Sie sich jetzt das Bild des Gels ansehen: Die Antwort ist 2. nur A, weil nur dieser Nachwuchs eine Variante in großer Menge hat (das lässt sich anhand der Breite des Bandes bestimmen), die von beiden Elternteilen und in erworben werden kann in diesem Fall erbte Schimpanse A tatsächlich die 136-bp-Variante von beiden Elternteilen.

Bei Schimpanse 4 kann jeder Elternteil derselbe sein (wie bei Schimpanse A) von den beiden, weil er auch die 136-bp-Variante hat (die entweder von Schimpanse eins oder zwei vererbt werden kann), aber eine andere hat, die nicht von Schimpanse 1 und kommen kann 2.

Wie Sie sagten, kann Schimpanse 5 sofort ausgeschlossen werden, da er eine große Bande hat, die bei keinem der beiden Elternteile zu finden ist.

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