Wird das Startcodon als Teil der UTR (untranslated region) betrachtet?

Da das Startcodon in Methionin übersetzt wird, kann es eindeutig nicht Teil der 5'-untranslatierten Region sein, wie @Johnny in seiner Antwort schreibt.

Die strittigere Frage wäre für die Stoppcodons und die 3'-untranslatierte Region . Dann ist es wirklich eine Frage der Semantik. Man könnte argumentieren, dass sie nicht translatiert werden, da keine Aminosäure als Reaktion auf diese Codons eingefügt wird. Betrachtet man jedoch die Bedeutung des Wortes „übersetzen“ und seine Anwendung auf den genetischen Code, wird ein Stoppcodon eindeutig übersetzt – es wird gelesen und in Informationen übersetzt, die die Freisetzung des entstehenden Peptids aus dem Ribosom einleiten.

Und so wird es im Wikipedia-Eintrag zu nicht übersetzten Regionen (zusammen mit dem Startcodon) in der codierenden Sequenz und nicht in der nicht übersetzten Region angezeigt. Die von GenBank verwendeten Annotationen enthalten auch Start- und Stop-Codons in der kodierenden Sequenz (CDS in ihren Annotationen) – siehe beispielsweise die Annotation für diese Insulinvorläufersequenz .

Das Startcodon ist sowohl in Prokaryoten als auch in Eukaryoten kein Teil der 5'UTRs, es ist stromabwärts der UTRs vorhanden.

In Prokaryoten bindet das Ribosom an die Shine-Dalgarno-Sequenz (AGGAGGU) von 5'UTR. Diese Sequenz befindet sich 3–10 Basenpaare stromaufwärts vom Initiationscodon.

In Eukaryoten ist das Initiatorcodon normalerweise das erste 5'AUG3', das auf der Kozak-Konsensussequenz vorhanden ist (GCCGCCRCC AUG G, wobei R Adenin oder Guanin ist). Das Ribosom bindet nicht direkt an diese Sequenz, aber wenn es vom 5'-Ende aus danach sucht, beginnt es mit der Synthese, sobald es die Consensus-Sequenz erreicht. Diese Kozak-Sequenz reicht vom terminalen Teil der 5'UTR bis zu den ersten wenigen (eigentlich vier) Nukleotiden der translatierenden Region.

Quellen:

• Prinzipien der Genetik von Snustard und Simmons

• Bergs Biochemie

Diese Aussage ist falsch .

Die transkribierte Prä-mRNA enthält an beiden Enden untranslatierte Regionen, die eine Ribosomenbindungsstelle, einen Terminator sowie Start- und Stoppcodons enthalten.

Das Startcodon kodiert immer für Methionin (Eukaryoten) oder N-Formylmethionin (Prokaryoten), daher würde es, da das Startcodon eine Aminosäure kodiert, als Teil der translatierenden Region angesehen werden .