Was wird für eine G-Matrix benötigt?

Ich habe in letzter Zeit viel über quantitative Genetik und die G- (und B-) Matrix gelesen . Ich habe jetzt das Prinzip hinter der Durchführung der Analyse verstanden, bin mir aber immer noch nicht sicher, wie ich es machen soll. Ich würde es gerne mit einigen Dummy-/alten Daten in R ausprobieren können, um zu sehen, wie es gemacht wird.

Nehmen wir an, ich hätte 5 Merkmale von Drosophila gemessen (Flügellänge, Lebensdauer, Augenpigmentierung, Borstenanzahl und Fitness). Könnte ich aus diesen Daten eine G-Matrix für die Population erstellen und auch eine B-Matrix erhalten, um die Selektion auf die Merkmale zu messen?

Ziele des Beitrags:

1) Welche Informationen (Eigenschaftsmessungen, Fitnesswerte usw.) werden benötigt, um G- und B-Matrizen zu erstellen?

2) Ich würde gerne Print- oder Online-Material finden, das mich bei der tatsächlichen Umsetzung dieser Methode anleiten würde. Es scheint, als gäbe es eine Menge Papiere, die sagen, dass G-Matrizen großartig sind, aber niemand sagt wirklich, wie man sie im wirklichen Leben macht ...

Ihr Link spricht nur über G-Matrix. Ich weiß nicht, was eine B-Matrix ist. Haben Sie einen Link, der erklärt, was eine B-Matrix ist? Vielen Dank
@Remi.b Die b-Matrix ist eine Untermatrix innerhalb der g-Matrix (die g-Matrix besteht aus vier Untermatrizen, Gm [männliche genetische Varianz und Kovarianz] Gf auch für Frauen, B (und B transponiert) mit dem Kreuz Geschlechtsgenetische Kovarianz
Eine kurze Beschreibung dessen, was eine G-Matrix ist, finden Sie in dieser Frage

Antworten (1)

Um die G-Matrix zu konstruieren, benötigen Sie additive genetische Varianzen und Kovarianzen für alle Merkmale, also benötigen Sie normalerweise Ergebnisse aus Zuchtexperimenten (z. B. phänotypische Mitteleltern-Nachkommen-Daten), auf denen Sie Eltern-Nachkommen-Regressionen durchführen können. Kenne keine guten Online-Quellen, aber siehe Balding et al. 2007 p. 534ff für einige Informationen. Ich habe Methoden gesehen, die behaupten, dass die G-Matrix direkt aus phänotypischen Daten von nicht verwandten Personen (z. B. Zintzaras 2011 ) oder aus genomischen Informationen, z. B. SNPs ( Vattikuti et al. 2013 ) , geschätzt werden kann, aber ich bin mit diesen nicht vertraut und tue es nicht wissen, wie zuverlässig sie sind.

Ein klarer Hintergrund zur Verwendung gemischter Modelle zur Schätzung der G-Matrix, einschließlich Beispiele/Tutorials, findet sich in Wilson et al (2009) .

Oder hast du etwas anderes/spezielleres im Sinn?

Das hat für mich eigentlich zwei Aspekte, denke ich. Erstens würde ich gerne wissen, wie sie gemacht werden können. Zweitens versuche ich herauszufinden, ob ich sie mit Merkmalswerten von hemiklonalen Drosophila-Linien durchführen könnte, so dass ich geschlechtsspezifische Merkmalswerte für jeden Haplotyp erhalte und daher eine B-Matrix erstellen kann.
Nun, Sie sollten in der Lage sein, genetische Varianzen aus hemiklonalen Linien zu erhalten - Sie müssen jedoch genau überlegen, wie Sie sie berechnen und wie viel Erblichkeit erfasst wird. Was meinst du mit: " Erstens würde ich gerne wissen, wie sie gemacht werden können ". Was enthalten die Matrizen, wie werden die Regressionen technisch durchgeführt oder etwas anderes? Ich vermutete, dass Sie nach etwas Spezifischerem suchten, aber Sie sollten die Frage aktualisieren, um sie weniger unklar zu machen.
Haben Sie sich auch Tiermodelle (statistisch gemischte Modelle) angesehen , bei denen der gesamte Stammbaum verwendet werden kann, um Komponenten der G-Matrix zu schätzen?
Was ich mit "wie sie gemacht werden können" meine, ist, welche Art von Daten ich brauche, was gemessen werden muss, wie es bereits in der Frage steht
@GriffinEvo Ich denke, das ist mir unklar; im einfachen Fall braucht man für eine G-Matrix phänotypische Daten zu den interessierenden Merkmalen und eine bekannte Beziehung zwischen Individuen (z. B. Eltern-Nachkommen). Ich habe dies auch in meiner Antwort geschrieben, aber anscheinend suchen Sie nach etwas anderem. Um z. B. Umweltfaktoren, Geschlecht oder einen bekannten Stammbaum zu berücksichtigen, benötigen Sie ein komplexeres statistisches Modell, z. B. Tiermodelle . Ich habe meine Antwort mit einem möglicherweise nützlichen Papier aktualisiert.
Was wird für eine G-Matrix benötigt?
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