Ich dachte zunächst, dass eine Domäne ein spezifischer Teil eines Proteins mit einer ihm gegebenen Tertiärstruktur ist, an die ein bestimmtes Molekül binden kann. (Ich glaube, ich erinnere mich an Ausdrücke wie "die Häm-Bindungsdomäne von Protein X ...", die in Vorlesungen verwendet wurden?)
Nachdem ich Wikipedia zu Proteindomänen konsultiert habe, sehe ich, dass die Definition etwas subtiler ist:
Eine Proteindomäne ist ein konservierter Teil einer bestimmten Proteinsequenz und (Tertiär-)Struktur, die sich unabhängig vom Rest der Proteinkette entwickeln, funktionieren und existieren kann. Jede Domäne bildet eine kompakte dreidimensionale Struktur und kann oft unabhängig stabil und gefaltet werden.
Ich kann das verstehen, aber der Grund, warum ich anfing zu hinterfragen, worauf sich eine „Domäne“ eigentlich bezieht, war, dass sie in Bezug auf Sda zur Kontrolle der Endosporulation von Bakterien verwendet wird. In meinen Vorlesungsunterlagen heißt es, dass "KinA von Sda, einem DnaA-Target, gebunden und destabilisiert wird".
Daraus hatte ich den Eindruck, dass Sda ein Protein ist (obwohl meines Wissens DnaA nur DNA bindet, also weiß ich nicht, warum Sda das Ziel von DnaA sein sollte. Jedenfalls) auf der anderen Seite sagt Wikipedia "das Protein Domäne Sda ist die Abkürzung für Suppressor of dnaA oder auch bekannt als Sporulationsinhibitor A.", was meiner Meinung nach darauf hinzudeuten scheint, dass Sda ein Teil von DnaA ist, dessen Modifikationen eine DnaA-Suppression ermöglichen?
Auch auf Wikipedia heißt es später: "Die Sda-Proteindomäne ist ein Kontrollpunkt, der die Bildung von Sporen verhindert." Wie kann ein Protein, wenn Sda eines ist, ein Kontrollpunkt sein?
Andererseits sprechen meine Vorlesungsunterlagen später von der Regulierung des Sda-Spiegels, also wird es wieder als separates Protein bezeichnet!
Ich würde mich sehr freuen, wenn jemand erklären könnte, was "Domäne" in diesem Zusammenhang bedeutet.
Kurze Antwort
Wikipedia hat eine ohnehin schon verwirrende Situation unnötigerweise noch viel schlimmer gemacht. Sda ist ein eigenes Protein, es wird von DnaA reguliert und verhindert die Sporulation.
Vollständige Antwort
Ich glaube nicht, dass Ihr Missverständnis auf der Bedeutung von "Domäne" beruht - die von Ihnen gegebene Definition klingt ziemlich vernünftig -, sondern eher auf der Verwendung des Begriffs Domäne in Bezug auf Sda und der Benennung von Sda selbst, was meiner Meinung nach ziemlich verwirrend ist und in diesem Fall von Wikipedia noch viel schlimmer gemacht.
Sda ist ein Protein, das die KinA-Aktivität hemmt (Burkholder et al., 2001) und ein vollständig von DnaA getrenntes Protein ist. Ich sehe nicht, wo Sie von Ihren Notizen auf die Idee gesprungen sind, dass Sda eine Domäne von DnaA ist, außer von Wikipedia: Ich weiß nicht, warum Wikipedia denkt, dass Sda eine Proteindomäne ist, es ist ein Protein. Es ist ein sehr kleines Protein, daher wäre es vielleicht angebracht, alles als eine Domäne zu betrachten, aber es gibt kein einziges Ergebnis für "Sda-Proteindomäne" bei Google Scholar - niemand sonst verwendet diese Terminologie. Eine vollständige Google-Suche gibt nur wenige (~150) Ergebnisse zurück, von denen die meisten direkte Kopien/Übersetzungen von Wikipedia sind oder Wikipedia eine direkte Kopie davon ist. Wikipedia kann nützlich sein, aber wenn es Sie verwirrt, gehen Sie nicht davon aus, dass es richtig ist.
Die Formulierung "KinA wird durch Sda, ein DnaA-Ziel, gebunden und destabilisiert" bedeutet, dass Sda KinA bindet und es destabilisiert, und stellt fest, dass Sda ein Ziel von DnaA ist; Da DnaA ein Transkriptionsfaktor ist, können Sie daraus schließen, dass DnaA die Expression von Sda in irgendeiner Weise kontrolliert.
In der Biologie bezieht sich ein Kontrollpunkt einfach auf einen Ort, an dem ein Prozess angehalten / angehalten werden kann, oft in Bezug auf den Zellzyklus. Sda wird als Kontrollpunkt angesehen, da es, wenn Sda exprimiert wird, die Sporenbildung der Zellen verhindert, indem es indirekt die Aktivierung von Spo0A verhindert (Burkholder et al., 2001).
Eine weitere Quelle der Verwirrung ist, dass der Name „Suppressor von dnaA“ auf Wikipedia FALSCH ist , aber darüber hinaus haben Molekularbiologen manchmal eine undurchdringliche Art, Dinge zu benennen, aufgrund der Komplexität der Kontrolle der Genexpression und der umständlichen Art und Weise, wie neue Proteine identifiziert werden und verstanden.
Der korrekte Name für sda ist „Suppressor of dnaA1 “. dnaA1 ist NICHT DnaA – dnaA1 ist ein MUTANTES ALLEL von DnaA, das zu Zellen führt, die vollständig unfähig sind zu sporulieren. Aber! sda ist auch NICHT Sda: sda ist ein MUTANTES ALLEL, das nicht-funktionales Sda (das Protein) produziert.
Ich zitiere aus dem Titel der Tabelle in Burkholder et al:
sda-Mutationen unterdrücken den Sporulationsdefekt von dnaA1-Mutanten
Oder, noch einmal gesagt, in dnaA1- Mutanten liegt ein Defekt in DnaA vor, der die Sporulation verhindert. Die Forscher suchten nach Mutationen, die diesen Effekt umkehren würden. Sie fanden eine und nannten sie sda, weil sie die Wirkung der Mutation, die sie studierten, umkehrt (unterdrückt). Die Effekte der dnaA1 -Mutante auf die Sporulation scheinen durch eine erhöhte Expression von Sda verursacht zu werden, weshalb die sda-Mutante den Effekt umkehrt.
Verweise
Burkholder, WF, Kurtser, I., & Grossman, AD (2001). Replikationsinitiationsproteine regulieren einen Entwicklungskontrollpunkt in Bacillus subtilis. Zelle, 104(2), 269-279.
David