Quantitativer Trait-Locus-Prozess?

Ich scheine das Konzept der Quantitative Trait Loci (QTLs) nicht zu verstehen, kann mir das jemand im Detail erklären? Das Lesen des Wikipedia-Artikels hat etwas geholfen, aber ich verstehe es nicht gut.

Was ich verstehe:

-quantitative Merkmale = eine Anzahl (Menge) von Phänotypen (Merkmale), die variieren

-Um ein QTL zu „erstellen“, muss man die phänotypischen Merkmale den Genen „zuordnen“, von denen angenommen wird, dass sie sich fortpflanzen.

-Dies wird zumindest laut Wikipedia durch AFLP-PCR oder Amplified Fragment Length Polymorphism durchgeführt. Dieser Prozess schneidet die genomische DNA in Stücke und amplifiziert dann die Zielregion mit Primern über PCR. Dann wird es mit einer Art Geltechnik visualisiert?

-Ich bin mir nicht sicher, wie diese Geldaten dann die Zuordnung von Phänotypen zu Genen ermöglichen. Ich weiß, dass Gelelektrophorese helfen kann, die Länge eines Gens oder einer Region eines Gens zu identifizieren, wenn man eine Leiter zum Vergleich verwendet.

Ich würde Ihrer Definition von "quantitativen Merkmalen" nicht zustimmen und sie stattdessen als quantitative statt qualitative Merkmale beschreiben. Beispielsweise ist die Größe ein quantitatives Merkmal, während das Vorhandensein oder Fehlen von Haaren ein qualitatives Merkmal ist

Antworten (1)

Wenn wir sagen, dass etwas ein genetischer Marker ist, meinen wir, dass wir seine Verbindung zu einem Chromosom herstellen können UND dass wir eine Möglichkeit haben, zu erkennen oder zu erkennen, wie sich der Marker nach der meiotischen Rekombination getrennt hat (diese Definition gilt nur für diploide Arten, die sich sexuell fortpflanzen).

So ist beispielsweise bei der Fruchtfliege Drosphila melanogaster das weiße Gen mit dem X-Chromosom verknüpft. Wildtyp-Fliegen haben rote Augen, eine Mutation im weißen Gen führt zu Fliegen mit weißen Augen. Sie können genetische Kreuzungen (Paarungen) verwenden, um (a) zu zeigen, dass das weiße Gen nur mit einem der vier Fliegenchromosomen verbunden ist, und (b) wenn Sie andere genetische Marker auf diesem Chromosom haben, können Sie möglicherweise eine genetische Karte erstellen zeigt die Reihenfolge und den Abstand der verknüpften Gene.

Sie können auch ein DNA-Fragment von einem Chromosom als genetischen Marker verwenden – wenn Sie über einen Assay verfügen, mit dem Sie das Fragment nach der meiotischen Rekombination verfolgen können. Ein Southern Blot unter Verwendung einer markierten Sonde ist eine Möglichkeit, dies zu erreichen (z. B. ein Restriktionsfragmentlängenpolymorphismus oder RFLP). PCR, mit der Sie ein RFLP oder ein SNP nachweisen können, erfüllt die gleiche Funktion und ist viel schneller als ein Southern Blot (und erfordert weniger DNA-Ausgangsmaterial).

Ein QTL ist nur einer dieser "molekularen" genetischen Marker, der eine Verbindung zu dem Merkmal zeigt, das Sie testen. Wenn Sie also zum Beispiel RFLPs oder SNPs entlang der menschlichen Chromosomen verteilt hätten und wenn Sie eine Möglichkeit hätten, die Trennung all dieser Marker nach der meiotischen Rekombination nachzuweisen, dann könnten Sie DNA aus einer Familie mit vielen unterschiedlichen Kindern verwenden Größen, bei denen ein Elternteil groß und der andere klein war, um zu sehen, ob einer Ihrer genetischen Marker segregiert oder mit dem Phänotyp der Größe bei den Kindern zusammenhängt (dieses Beispiel geht davon aus, dass die Körpergröße beim Menschen ein quantitatives Merkmal ist).

Wenn ich Sie ein wenig paraphrasieren darf, so gilt das Konzept eines genetischen Markers nur für Organismen, die Crossing-over oder Meiose betreiben können, da Crossing-over-Ereignisse den Austausch von genetischem Material ermöglichen und je näher ein Gen für ein Merkmal liegt ein Chromosom, desto enger wird die Verknüpfung sein. Das bedeutet dann, dass wir bei der Suche nach einem genetischen Marker auf eine Verknüpfung schauen? Und außerdem sind QTLs einfach eine Art genetischer Marker, ein Gen im Chromosom, das auf die Verknüpfung mit einem Chromosom hin untersucht werden soll? Und dann wird dies durch Hinzufügen einer Sonde erreicht, die bei der Untersuchung fluoreszieren würde?
Haploide Organismen wie Bakterien und ihre Viren haben auch Gene und DNA und daher genetische Marker. Es ist nur so, dass sie keine Meiose haben. Sie können immer noch genetische Karten erstellen, ich habe nur versucht, genau zu sein. Ich denke, Ihr Verständnis ist richtig. Es gibt nur zwei Dinge hervorzuheben. Das QTL ist wahrscheinlich nicht das Gen, an dem Sie interessiert sind, es ist wahrscheinlich nicht einmal ein Gen, es ist ein Proxy für das Gen, weil es ein hoffentlich eng verbundener Marker ist; Sie müssten noch weitere Arbeit leisten, um das Gen zu finden. Vielleicht möchten Sie auch fragen, wie ein Southern Blot funktioniert.
Danke, ich glaube, ich weiß, wie ein Southern Blot funktioniert, aber haben Sie Vorschläge für ein Bild, das das Konzept von QTL zusammenfassen würde? Ich habe das Gefühl, dass ich im Allgemeinen besser von Bildern lerne. Abgesehen davon können Bakterien keine Art von homologer Rekombination durchführen, ich erinnere mich, darüber gelesen zu haben, aber vielleicht war es nur meine Einbildung.
@RoSiv Ja, das können sie, zum Beispiel kann ein Phagengenom durch Rekombination in das Bakteriengenom integriert werden. Dies geschieht durch Rekombination von att-Loci (att für Anhaftung). Dies ist natürlich nur ein Beispiel. en.wikipedia.org/wiki/Site-specific_recombination