Warum ist der Normalisierungsfaktor bei der Mikroarray-Normalisierung so?

Ich arbeite an der Analyse einer großen Anzahl von Microarray-Dateien. Ich habe versucht, die Notwendigkeit der Normalisierung von Microarray-Daten zu verstehen, und bin diesen Artikel von John Quackenbush (2002) durchgegangen . In der Abhandlung erwähnt der Autor das

Es gibt eine Reihe von Gründen, warum Daten normalisiert werden müssen, darunter ungleiche Mengen an Ausgangs-RNA, Unterschiede in der Markierungs- oder Nachweiseffizienz zwischen den verwendeten Fluoreszenzfarbstoffen und systematische Abweichungen in den gemessenen Expressionsniveaus

Dann spricht er über einfache Normalisierungstechniken. Unter der Annahme, dass die über alle Elemente in den Arrays summierten Gesamthybridisierungsintensitäten für jede Probe gleich sein sollten, definiert er einen Normalisierungsfaktor , der durch Summieren der gemessenen Intensitäten in beiden Kanälen berechnet wird.

Normalisierungsfaktor

wobei G i und R i die gemessenen Intensitäten für das 'i'-te Array-Element sind (z. B. die grünen und roten (oder experimentellen und Kontroll-) Intensitäten in einem zweifarbigen Microarray-Assay) und N Array die Gesamtzahl der Elemente ist im Mikroarray vertreten.

Dann sagt der Autor das -

Erklärung des Normalisierungsfaktors

Das ist der Teil, den ich nicht verstehe. Was muss eingeführt werden G k ' , R k ' und warum sind sie, was sie sind? Am wichtigsten ist, warum ist T ich gleich R ich / G ich zuerst und dann ( 1 / N T Ö T A l )*( R ich / G ich )?

Irgendwelche Ideen?

Antworten (1)

G k ' Und R k ' sind normalisierte Werte von G k Und R k .

Nehmen Sie sagen G als [ 1 , 2 , 3 , 4 ] und R wie [ 100 , 150 , 200 , 400 ] als Ihre Werte und Sie möchten sie normalisieren. Dies skaliert einen von ihnen auf den anderen und bringt sie zum Vergleich auf eine gleiche Ebene. Also in Ihrem Fall ist der Faktor 85 Einheiten. Also eine Einheit von R beträgt 85 Einheiten in G.

Um also G auf R zu skalieren, multipliziere G mit 85 oder Sie können R auf das Niveau von G skalieren, indem Sie R dividieren durch 85 . Die Werte sind also entweder [ 85 , 170 , . . ] Und [ 100 , 150 , 200 , 400 ] oder [ 1 , 2 , 3 , 4 ] Und [ 1.17 , 1,76 , . . ] aus unserem Beispiel.

Ich denke, es sollte als erwähnt werden T ' = R ich / ( G ich ∗ N T Ö T A l ) wie im Log-Verhältnis aus der Aussage in Ihrer Frage.

Bedeutet Ihre letzte Zeile, dass dies im Text so sein sollte? T ich = R ich ' / G ich ' = R ich / G ich * N T Ö T A l
Ich meine T ich = R ich / G ich Aber T ich ' = R ich / ( G ich ∗ N T Ö T A l )
Warum ist der Normalisierungsfaktor bei der Mikroarray-Normalisierung so?
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