Ich möchte ein 3,4 kb großes Gen (ursprünglich aus Bodenbakterien isoliert) synthetisieren und in E. coli transformieren. Es gibt mehrere Firmen ( DNA2.0 , GeneScript , BlueHeron ), die das Gen für Sie synthetisieren. Ich würde gerne wissen, wie diese Unternehmen (oder andere) in Bezug auf Folgendes abschneiden:
Codon-Optimierung – die meisten Unternehmen werden die Sequenz codon-optimieren und somit die Proteinexpression im gewünschten Wirt erhöhen. Kürzlich habe ich erfahren, dass es verschiedene Algorithmen gibt, die angewendet werden können. Mich interessiert vor allem, wie die Codon-Optimierung in den verschiedenen Unternehmen durchgeführt wird und ob es einige direkte Vergleiche der Proteinexpression zwischen ihnen gibt.
Kosten pro Basis - Ich möchte die billigste finden. Im Allgemeinen hängen die Kosten der Gensynthese normalerweise von der Größe des Fragments sowie der Komplexität der Sequenz ab. Andererseits kann DNA2.0 Fragmente von 1 kb und 5 kb zum gleichen Preis synthetisieren.
Bearbeitungszeit – welches Unternehmen synthetisiert das Fragment am schnellsten? Ich denke, dass dies hauptsächlich von der Größe abhängt. Natürlich habe ich die Möglichkeit, 3 x 1,1 kb große Fragmente zu bestellen und sie selbst zusammenzufügen, aber dann muss ich das Endprodukt einer Sequenzprüfung unterziehen. Also muss ich den Kompromiss finden.
Bitte beachten Sie, dass ich nicht nach Ihrem Lieblingsunternehmen frage, sondern nach spezifischen Merkmalen der Unternehmen.
Arbeiten Sie in der Wissenschaft? Es kann sich lohnen, direkt bei den Unternehmen anzurufen und nachzusehen, ob es für Ihre Einrichtung einen ermäßigten Tarif gibt (möglicherweise hat ein anderes Labor oder eine andere Abteilung bereits etwas eingerichtet).
Sie können keine Informationen zu den verschiedenen Algorithmen erhalten, wenn diese proprietär sind. Wenn man jedoch bedenkt, dass Codon-Nutzungsdaten öffentliches und geteiltes Wissen sind, kann ich mir nicht vorstellen, dass die verschiedenen Algorithmen so unterschiedlich sind. Ich denke, es gibt einige Tricks, um bestimmte Codons in der Nähe der Transkriptionsstartstelle in einigen Organismen auszuwählen? Soweit ich höre, ändern sich die Algorithmen ständig. Ich könnte Ihnen sagen, wie mein für E. coli optimiertes Gen von GenScript vor zwei Jahren funktionierte, aber jetzt würden sie es wahrscheinlich anders gestalten.
Okay - GenScript nennt ihren Algorithmus "proprietär", also teilen sie die Details nicht. DNA2.0 sagt, dass ihr Algorithmus patentiert ist, also zur Inspektion da draußen ist. Sie veröffentlichten ein PLOS-Papier über ihren E. coli- Algorithmus: Welch et al. .
Obwohl, vielleicht alles, was sie heutzutage tun, ist, die Codon-Sequenz zufällig auszuspucken:
Die in dieser Studie erhaltenen Ergebnisse zeigen, dass das Codon-Randomisierungsverfahren eine überlegene Strategie zur Codon-Optimierung ist. Für den weitgehend etablierten Prozess der Chymosinproduktion wurde eine signifikante Verbesserung der Proteinexpression erzielt, was die Leistungsfähigkeit dieser Strategie zur Reduzierung der Produktionskosten industrieller Enzyme in mikrobiellen Wirten zeigt. (Menzella 2011)
Das Zusammenfügen kleinerer synthetisierter Fragmente funktioniert gut, wenn Sie unter Zeitdruck stehen, ist aber normalerweise teurer. Manchmal bieten diese Unternehmen jedoch Sonderpreise für die Synthese für <1 kb an, was Stitching zu einer guten Wahl macht. Die Bearbeitungszeit für drei 1-kb-Fragmente ist im Allgemeinen schneller als für ein 3-kb-Fragment.
Hier ist ein Blogbeitrag von Ginkgo BioWorks, der die Bearbeitungszeiten von 3 Hauptlieferanten grafisch darstellt: http://blog.ginkgobioworks.com/2012/01/14/commercial-gene-synthesis/
Und hier ist ein Blogbeitrag von Reportergene, der die tatsächlichen Preise vergleicht, auch wenn ich Mad Scientist zustimme, dass die Frage nach dem Preis wahrscheinlich zu lokalisiert ist.
http://www.reportergene.com/2011/08/gene-synthesis-review.html
Verrückter Wissenschaftler
Gergana Vandova