Welche Algorithmen / Methoden werden zur Berechnung von Primerdimeren und Haarnadeln verwendet?
Beispielsweise generiert das OligoAnalyzer-Tool von IDT diese Analysen bei gegebenen bestimmten Sequenzen.
Die Homo-Dimer-Analyse scheint mir nur ein gleitender Scan zweier Sequenzen übereinander zu sein. Ich nehme an, dies berücksichtigt nicht mögliche Haarnadelprobleme? oder sind solche Strukturen im Vergleich zu den unzähligen anderen häufigeren Problemen weniger wahrscheinlich. Außerdem, wie werden die ΔG-Werte bei einem bestimmten Dimerisierungsmuster berechnet?
Es ist wichtig, mehr Gesichter zu visualisieren, um Primer- oder Oligo- und PCR-Experimente zu entwerfen:
- thermodynamische Parameter der DNA-Hybridisierung berechnen (Oligo/Template)
Haarnadelschleife, Dimer, Basenstrafe und Schmelztemperatur über Primer oder Primerpaar berechnen
Berechnen Sie Statistiken über die Schmelztemperatur mit der Änderung der Zusammensetzung und mischen Sie die PCR-Konzentration
Mit Google können Sie mehr Tools finden, aber Sie müssen sich für ein Tool eines Sequenzierungsteams entscheiden. Fast alle Tools verwenden den Mfold-Algorithmus, er ist einfach und effektiv:
M. Zuker, DH Mathews & DH Turner. Algorithms and Thermodynamics for RNA Secondary Structure Prediction: A Practical Guide In A Biochemistry and Biotechnology, 11-43, J. Barciszewski und BFC Clark, Hrsg. , NATO ASI Series, Kluwer Academic Publishers, Dordrecht, NL, 1999.
Ich arbeitete in einem Sequenzierungsteam und es gab einen Programmierer. er entwickelte ein fantastisches Werkzeug. er ist ein bisschen englisch, aber er könnte dir helfen: http://promix.cribi.unipd.it/cgi-bin/promix/melting/melting_main.exe