Die Frage erklärt sich eigentlich von selbst. Wie lassen sich die beiden Methoden vergleichen? Ich habe immer Assembly PCR verwendet, aber die Methode ist fehleranfällig und ich bin gespannt, wie sie im Vergleich zur Ligase-Kettenreaktion (LCR) abschneidet.
Ich habe sowohl Gibson-Montage (was meinen Sie mit Montage?) als auch LCR als Ersatz für stumpfes oder klebriges Klonen verwendet. LCR hat für mich dahingehend besser funktioniert, dass ein höherer Anteil der herauskommenden Konstrukte korrekt zusammengesetzt wurde und ich habe nach LCR keine Mutationen bemerkt, während ich sie bei Gibson ziemlich oft gesehen habe.
Bei jeder PCR-Reaktion (einschließlich der Assembly-PCR) ist das Substrat der Reaktion eine Mischung aus Mononukleotiden. Spezifische Oligos dienen als Primer, indem sie an die Matrize anlagern und durch eine DNA-Polymerase verlängert werden. Es ist eine Polymerisationsreaktion. Bei der LCR gibt es keine Mononukleotide, sondern viele verschiedene Oligos, die nacheinander an die Matrize anlagern und durch eine DNA-Ligase zu einem längeren DNA-Molekül zusammengefügt werden. Es handelt sich um eine Ligationsreaktion. Diese beiden Reaktionen haben viel gemeinsam. Erstens verlassen sie sich auf das Tempern von Oligos an einer Vorlage. Zweitens müssen sowohl die Polymerase als auch die Ligase thermostabil sein. Tatsächlich nutzen beide Reaktionen die Thermostabilität der Enzyme, um Zyklen von Annealing, Reaktion (Polymerisation oder Ligation) und Schmelzen durchzuführen.
Hier eine schöne Präsentation, die diese Konzepte mit einigen Grafiken zeigt.
Kevin