Ich habe diesen Wikipedia-Artikel über SNP-Genotypisierung gelesen und konnte diesen Teil nicht verstehen:
Wenn bei der Untersuchung der Ergebnisse eine genomische Probe homozygot ist, dann stammen die resultierenden PCR-Produkte von dem Primer, der mit der SNP-Stelle zum äußeren Primer des gegenüberliegenden Strangs übereinstimmt, sowie von den beiden gegenüberliegenden äußeren Primern. Wenn die genomische Probe heterozygot ist, resultieren Produkte aus dem Primer jedes Allels zu ihren jeweiligen äußeren Primer-Gegenstücken sowie aus den zwei entgegengesetzten äußeren Primern.
Kann das jemand erklären?
Gültiges XHTML http://nar.oxfordjournals.org/content/29/17/e88/F1.large.jpg. Abbildung 1. Schematische Darstellung der Tetra-Primer-ARMS-PCR-Methode. Der hier als Beispiel verwendete Einzelnukleotidpolymorphismus ist eine G→A-Substitution, aber das Verfahren kann verwendet werden, um andere Typen von Einzelbasensubstitutionen zu typisieren. Zwei allelspezifische Amplikons werden unter Verwendung von zwei Primerpaaren erzeugt, wobei ein Paar (angezeigt durch rosafarbene bzw. rote Pfeile) ein Amplikon produziert, das das G-Allel darstellt, und das andere Paar (angezeigt durch indigofarbene bzw. blaue Pfeile) ein Amplikon produziert, das repräsentiert das A-Allel. Allelspezifität wird durch eine Fehlpaarung zwischen der 3'-terminalen Base eines inneren Primers und der Matrize verliehen. Um die allelische Spezifität zu verbessern, wird auch eine zweite absichtliche Fehlpaarung (gekennzeichnet durch ein Sternchen) an Position –2 vom 3′-Terminus in die inneren Primer eingebaut. Die Primer sind 26 nt oder länger, um den Unterschied in der Stabilität von Primern zu minimieren, die an die Ziel- und Nicht-Ziel-Allele anneliert werden, wodurch sichergestellt wird, dass die Allelspezifität aus Unterschieden in der Verlängerungsrate und nicht in der Hybridisierungsrate resultiert. Indem die beiden äußeren Primer in unterschiedlichen Abständen vom polymorphen Nukleotid positioniert werden, unterscheiden sich die beiden Allel-spezifischen Amplikons in der Länge, wodurch sie durch Gelelektrophorese unterschieden werden können. (http://nar.oxfordjournals.org/content/29/17/e88/F1.expansion )
